El periodo comienza con la Intervención norteamericana de 1898, a partir de entonces la aduana responde a los intereses del imperialismo norteamericano, de los gobiernos de turno y finalmente de una una dictadura militar cruenta; la institución era ocupada por personajes y aduaneros corruptos y obedientes al dictador; la actividad aduanera era fuente de enriquecimiento, contrabando, tráfico de drogas y muchos otros ilícitos aduaneros, todo estos se mantuvo por 60 años. Termina con el Triunfo de la Revolución Cubana el 1o de Enero de 1959, liderada por el Comandante en Jefe Fidel Castro Ruz.