En el periodo colonial la aduana respondía a los intereses de los reyes de España, se inicia con el descubrimiento, la conquista y colonización de la Isla. Luego llegaron las primeras actividades, impuestos y los oficiales del rey de la Casa de Contratación de Sevilla; la Intendencia de Hacienda con sus respectivos Intendentes; habilitación de los puertos para el comercio; creación de las aduanas cabeceras, inicio de las luchas por la Independencia Nacional y termina este periodo a los 406 años de historia, con la Intervención Norteamericana de 1898.